As zonas húmidas são dos ecossistemas mais ricos e produtivos do mundo, em termos de diversidade biológica, possuindo grandes concentrações de aves aquáticas, mamíferos, répteis, anfíbios, peixes e invertebrados, sendo a água o elemento estruturante destes ecossistemas. Estes espaços têm associados muitos valores e funções, tais como o controlo de inundações (retendo o excesso de água), a reposição de águas subterrâneas, a regulação do ciclo da água, a produção de biomassa, a retenção dos sedimentos e nutrientes, a mitigação das alterações climáticas (através da captura de dióxido de carbono da atmosfera e a libertação de oxigénio, com a fotossíntese). Realçam-se igualmente pelos valores culturais, turísticos e recreativos, sendo actualmente muito procuradas para a prática de ecoturismo.
As poucas ribeiras e barrancos existentes são típicos cursos de água mediterrânicos intermitentes. Com as grandes enxurradas enchem em pouco tempo o leito que no verão acaba por secar ou ficar reduzido a pegos (zonas mais profundas do leito que mantêm água durante todo o verão). Em resposta a estas variações de caudal, o coberto vegetal das margens apresenta-se em formações arbustivas compostas por Loendros, Tamujos e Tamagueiras. Nas zonas onde o leito é mais largo a vegetação altera-se formando cortinas ripícolas onde já se verifica a presença de árvores como Salgueiros e Freixos.
No seu conjunto esta vegetação têm uma função importante na consolidação das margens e diminuição da erosão do solo pelas águas de escorrência, sendo local de abrigo a muitos animais, em especial de aves como o Guarda-rios ou o mais raro Rouxinol-do-mato.
Presentes na matriz dos campos de searas e pousios, os charcos temporários mediterrânicos (Habitat prioritário 3170* da Diretiva Comunitária Habitats) é uma das mais notáveis e singulares zonas húmidas de água doce da Europa. Estas massas de água parada ou de corrente muito reduzida, que parecem simples poças de água, albergam muitas espécies de algas, briófitos, plantas vasculares, insetos aquáticos e microrganismos, como crustáceos de água doce (grandes branquiópodes) cuja área de ocorrência é muito restrita no mundo.
Dispersas pelo território, as albufeiras, charcas e pequenas barragens são zonas húmidas artificiais que, na sua maioria, conseguem resistir à secura do verão e continuar com água. Estes espelhos de água são, por isso, excelentes locais de abeberamento da fauna selvagem durante o período mais seco do ano. A vegetação marginal é normalmente formada por plantas taludosas (como Tábuas, Bunho e Juncos), que proporcionam condições propícias para muitas aves ripícolas e aquáticas viverem e se reproduzirem.